Entre las especies vegetales que encuentran en la Reserva de Biosfera Yaboty las condiciones para su supervivencia se destacan:

Pino Paraná, laurel negro, guatambú blanco, yerba mate, guayubira, maría preta, cancharana, loro blanco, el helecho arborecente o chachi bravo, pari paroba, origa brava, canelón, tacuarembo y tacuapi.

Y entre los animales, que habitan ese espacio natural protegido se hallan el yaguareté, el tapir, el gato onza, el mono cai y el lobito de rio.

Además de numeroso especies de aves como: pájaro campana, yacutinga, macuco, loro pecho vinoso, jote real, surucuá amarillo, diferentes tucanes, en especial tucán banana, carpintero cara canela, pava del monte o yacu poi, entre otras.