De acuerdo con las investigaciones y rescates arqueológicos, de la misionera Ruth Poujade, entre otros, se estima que el territorio misionero fue habitado desde unos 10.000 años atrás.

Los guaraníes ingresaron en la región Misionera desde al año 1000. La irrupción en el área implico, en algunos casos el desplazamiento forzoso, y en otros, la aculturación de grupos que ya estaban establecidos como los kaigangs y Guayanas.

El arribo de los primeros colonizadores a la región se produjo en el sigle XVI “… y en la ribera del río estaba muy gran número de indios de la misma generación de los guaraníes: todos muy emplumados con plumas de papagayos y almogrados, pintados de muchas maneras y colores, y con sus arcos y flechas en las manos hechas con escuadrón de ellos, que era muy gran placer de los ver”. ( Alvar Nuñez Cabeza de Vaca 1542).

Entre los años 1609 y 1818, se desarrollaron en el pleno corazón de la Cuenca del Plata las Misiones Jesuíticas Guaraníes, en un área que involucro a Argentina, Brasil, Paraguay y Uruguay. Fue una experiencia social, cultural y religiosa única en su tipo, protagonizada por pueblos originarios y la Compañía de Jesús.

Actualmente San Ignacio tiene una población de 10541 habitantes y es muy conocida por contar con un casco urbano con la reducción Jesuítica de San Ignacio Miní, cuyos restos se encuentran entre los mejores conservados de esta etapa histórica y fueron declaradas en 1984 por la UNESCO, patrimonio de la Humanidad.